Ezt az incidens is már a történet alatt folyik. Az előzmény igazából Danzou és Hanzou szövetkezése, aminek eredménye Yahiko halála lett. Emiatt Nagato teljesen megváltozott és belépett az Akatsukiba. Uchiha Madara szomorú múltja miatt könnyen tudta befolyásolni. Végül azt a feladatot kapta hogy mennyen el Konohába Narutoért, mint a kilencfarkú jinchuurikijéért.

Pein első feladata megtalálni volt Naruto-t. Azonban Naruto végül hazatért és harcbaszállt Peinnel.

SPOILER

Naruto legyőzi az összes Pein-t és megtudja hol van Nagato. Elmegy hozzá és végül meggyőzi arról hogy helytelenül cselekszik. Nagato végül visszaadja a Konohaiak életét de ő maga meghal. Konan magával viszi Nagato és Yahiko holttestét és megígéri Naruto-nak hogy számíthat rejtett eső támogatására.

Konoha egyenlő lett a földdel. Tsunade szinte minden chakráját feláldozta a falusiakért és kómába is kerül. Emiatt Danzou lesz a Hokage akinek első lépése hogy Sasukét szökött ninjává tette és elrendelte megölését is....