A háború a harmadik Kazekage eltűnésével kezdődött (Sasori a tettes). Konoha és rejtett Kő kezdett el harcolni ismét rejtett Eső-n keresztül. A háborúba többször is beekintést kapunk az anime során is.

A Kannabi-kyō ("A híd, ahol az Isten nem segít") felrobbantását kapta a Minato csapat küldetés képpen. Itt pillanthattunk bele először a háborúba a Kakashi gaiden részekben. Kissebb bonyodalmakkal, de végül a küldetés teljesül. Ennek köszönhetően a szerencse Konoha mellé áll. Namikaze Minato igazi hőssé vált ezalatt a háború alatt. Sokan emlegették Konoha Sárga Villása ként. Itachi is élt már a háború alatt, bár még csak kisgyerek volt, de a háború méllyen megérintette és később nagy hatással lett életére.

Mikor másodszor pillantunk be a háború akkor Nagato emlékeit nézzük. A három rejtett eső-i árva Yahiko, Nagato és Konan a túlélésért küzdenek. Később megalapítanak egy szervezetet aelynek célja a béke minnél kevesebb harccal. A szervezet egyre nagyobb erőre tett szert. Hanzou félt hogy Yahiko végül letaszítja őt a falu éléről. Emiatt szövetkezett a Konohai ANBU gyökérrel (azaz Danzou-val) és így rajtacsaptak a szervezeten...

Végül a faluk megeggyeztek.