A msodik nagy shinobi hbor politikai htterrl nem sokat tudunk. A hokage, a Kazekage s a Tsuchikage kztt veszekedsek trtek ki. A nzeteltrseket egy hborval akartk megoldani amelynek helyszne a kztes esfalu lett. Azaz mr Hanzou (az es falu vezetje) is belekeveredett a konfliktusba. Ebben a hborban harcolt Jiraya, Tsunade s Orochimaru is. (Az animben tvesen a harmadik nagy shinobi hborhoz fzik a saninokat.) A hbor Konoha gyzelmvel rt vget.

|