A második nagy shinobi háború politikai hátteréről nem sokat tudunk. A hokage, a Kazekage és a Tsuchikage között veszekedések törtek ki. A nézeteltéréseket egy háborúval akarták megoldani amelynek helyszíne a köztes esőfalu lett. Azaz már Hanzou (az eső falu vezetője) is belekeveredett a konfliktusba. Ebben a háborúban harcolt Jiraya, Tsunade és Orochimaru is. (Az animében tévesen a harmadik nagy shinobi háborúhoz fűzik a saninokat.) A háború Konoha győzelmével ért véget.
|