Pein az Akatsuki vezetője. Bár igazából Madara irányít. Ez a név igazából egy összefoglaló fogalom. Hiszen Pein azt a hat testet jelenti akiket Nagato irányít. Ez a történet még a háborús időkre nyúlik vissza. Akkoriban Konoha és a többi nagy nemzet ádáz csatát vívott. És essőrejtek faluja szenvedte a legnagyobb károkat.. Itt talált Jiraiya három árvát, Nagato-t, Konan-t és Yahiko-t. Később történt valami Yahikoval és meghalt. Az ő teste a fő Pein. És mért van a Peinekben pircing? Nagato azokba a rudakba irányítja a chakráját és ezáltal képes irányítani a már halott testeket. Ez elveszi minden erejét ezért gyakorlatilag félhalott. Mindezenáltal továbbítani is tudja a Riinnengan szemei képességeit is. A fűfaluban Pein a kage. Mindenki istenként szólítja és társa Konan az angyal. Peinre rátámad Jiraiya. A harc kimenetele elég durva. Ezzel mutatják be Pein erejét. Ezután azonban elmegy levadászni Naruto-t.

SPOILER

Naruto végez öt Peinnel és majdnem átalakul Kyuubi-vá is. De végül hála apjának legyőzi a benne lévő szörnyeteget. (Mellesleg ekkor tudja meg, hogy a negyedik az apja.) Ezután azonban további harc helyett Naruto meggyőzi Nagato-t, hogy nem helyes az igazsága és hogy az csak egy álca lenne. Nagato pedig visszaadja az életét minden Konohainak aki miatta halt meg. Ebbe bele is hal. Konan pedig elviszi Nagato holttestét és kilép az Akatsukiból.

SPOILER

BETÉTZENÉJE